Saç ekim operasyonları aslında diğer estetik cerrahi prosedürlere göre komplikasyon oranı düşük operasyonlardır. Saç ekim komplikasyonlarının çoğu işin uzmanı olmayan kişiler ( malasef doktor dışı uygulamalardan) tarafından yapılan operasyonlarda daha çok görünür oldu. Son 20-30 yılda saç ekimine olan ilginin artması bir yandan da bu cerrahi operasyonda hekim dışı yapılan operasyonların ve komplikasyonların sayısını arttırdı. Sık görülen komplikasyonlar arasında;
Pitting (Çukurlaşma) : Kanalların olması gerekenden daha derin açıldığında ortaya çıkar. Kanalların derin açılmasından kaynaklı graftler olması gerekenden daha derine yerleştirildiğinden büyürken kök ağızlarında çukurlaşma görülür.
Cobblestoning : kanalların olması gerekenden daha yüzeysel açıldığında ortaya çıkar. Saç kökleri olması gereken seviyeden daha yukarıda olduğunda deride kaldırım taşına benzer bir görüntü oluşur.
Pluggy: özellikle ön saç çizgisinde çoklu graftlerin kullanılması sonucu meydana gelir. Ön saç çizgisinde olması gereken tekli graftler yerine çoklu graftler yerleştirilirse bu oyuncak bebek saçına benzer bir görüntüye sebep olur. Bir diğer konuda ön saç çizgisinde olması gereken küçük ve büyük girinti çıkıntıların olmamasıdır.
Donör bölgeden çok sık saç alınması ( donor overharvesting ) : donör bölgeden donör kapasitenin dışına çıkılıp daha fazla graft alınması sonucu görülür. Sık graft alınan yerlerde alopesik saçsız alanlar oluşur.
Donor aşırı alımı ( donor overharvesting): son yıllarda estetik operasyonlara ve saç ekimine olan ilginin artması sonucu bu operasyon çok fazla yapılır hale geldi. Bu da beraberinde artan sayıda uzman olmayan kişilerin ( doktor dışı ) bu işe girmesine ve komplikasyonlara sebep oldu.
Donör bölge sınırlı sayıda saç kökü (folikül) içerir. Gerçek anlamda folikül çıkartılması yapıldığında saç köklerinin alındığı bölgeden tekrardan saç çıkmaz. Sınırlı sayıdaki bu foliküllerden belirli bir oranın alınması gerekir. Donör alandaki kalan saçların kapatıcılığı saçların uzunluğu ile de orantılıdır. Örneğin homojen %20 lik bir graft alımı donör bölgede çok fazla iz oluşturmazken %40 sık bir oranda saçların uzun kullanılması gerekebilir. İz oluşmasında bir diğer faktörde operasyon sırasında kullanılan punch ( saç kökleri alınırken kullanılan silindirik alet) çapları ile ilgilidir. Küçük çaplı punchlar kullanıldığında ( örneğin 0,65-0,75 mm gibi ) iz oranı daha da azalacaktır. Yüksek çaplı punchlarda ( 0,9 ve üstü gibi ) ise iz ( skar ) gelişme riski artacaktır. Punch çapına karar verirken önemli olan folikülün saç kökünün tam bir bütün olarak gelmesini sağlayacak en ideal punch çapını tercih etmektir. Punch çapı küçüldükçe saç köklerinin alımı sırasında parçalanmalar ve kayıplar artarken , punch çapı büyüdüğünde ise bu kayıplar en aza iner. Ancak bu seferde iz sorunu ortaya çıkar. İşte tam burada saç ekim cerrahının doktorunun deneyimi ve bilgisi devreye girer. Saç köklerinin sağlam bir şekilde çıkartılacağı ve aynı zamanda en az iz oluşturan en ideal punch çapı tercih edilmelidir. Bu dengenin sağlanması donör bölgede oluşabilecek hasarı en aza indirir.
Bir diğer önemli konu ise alım yüzdesi ve beraberindeki alım sıklığı yani homojenitesidir. Örneğin bir alandan belli bir yüzde sağlamak için o bölgeye yoğunlaşmak yerine alımın tüm donör alana dağıtılması daha doğru bir yaklaşım olur. Böylece donör alanda iz oluşması ve aşırı graft alımından kaçılmış olunur.